قال حفيد الإمام محمد عبده إنه سمع من جدته أن العائلة كلها كانت لديها شكوك في وفاة الإمام بالسم، متهمين خديوي مصر، عباس حلمي الثاني، بدسِّه له عن طريق خادمه.
كما علموا من أحد الشيوخ العظام الثقاة والذي حضر معزِّياً في الإمام، أن الخديوي عباس حلمي الثاني أرسل لهذا الشيخ السكرتير الخاص له يخبره بوفاة الإمام، وقال له نصاً: "الكافر مات"، فنهر هذا العالم الجليل سكرتير الخديوي، وأبلغه أنه سيذهب لأسرته لتقديم واجب العزاء، بحسب "العربية.نت".
وأضاف الدكتور مالك منصور، طبيب الأسنان المقيم بأميركا وحفيد الإمام الراحل، أن جده عانى كثيراً بسبب أفكاره التنويرية السابقة لعصره، والتي ما زالت -رغم مرور عشرات السنين عليها- باقية وتتمدد.