أعلنت المفوضية المصرية للحقوق والحريات (غير حكومية مقرها القاهرة)، مساء الثلاثاء 23 ديسمبر/ كانون الأول 2015، عن رصدها 340 حالة اختفاء قسري لمصريين بين شهري أغسطس/ آب، ونوفمبر/ تشرين الثاني 2015، بمعدل 3 حالات يومياً، مازال مصير بعضهم مجهولاً.
وذكرت المفوضية، في تقرير لها، أنها "استعانت في الرصد، باستمارة تبليغ عن حالات الاختفاء القسري من خلال حملة (أوقفوا الاختفاء القسري)، وبالاعتماد على مقابلات لمن نجوا، ومن تعرض ذووهم للاختفاء القسري، ومقابلات مع محاميي الضحايا".
وخلص التقرير إلى تورط بعض الأجهزة الأمنية كقطاع الأمن الوطني التابع لوزارة الداخلية، وإدارة المخابرات الحربية التابعة للقوات المسلحة، في اختطاف أشخاص وإخفائهم بمعزل عن العالم الخارجي، في أماكن احتجاز سرية، أو غير قانونية".
ووفقاً للشهادات التي جمعتها المفوضية، فقد تعرض المحتجزون خلال فترات اختفائهم لأساليب مختلفة من التعذيب وسوء المعاملة أبرزها "الصعق بالكهرباء، والتعليق من اليد والرأس لأسفل، وتعليق الضحية كالذبيحة، والتهديد بالاعتداء الجنسي، وذلك بغرض انتزاع اعترافات، أو جمع معلومات عن أفراد أو كيانات، يقومون بتنظيم التظاهرات أو مشتبهين بصلتهم بهجمات إرهابية".
ولفت التقرير إلى أن بعض الحالات التي تعرض فيها أشخاص للاختفاء القسري في أعقاب الأحداث التي تلت 30 يونيو/ حزيران 2013 ما يزال مصير المختفين فيها مجهولاً حتى الآن.
واتهمت المفوضية المصرية للحقوق والحريات، السلطة، بإعطاء الضوء الأخضر لضباط الأمن الوطني لممارسة التعذيب بحق الأشخاص دون محاسبة أو رقابة من الجهات القضائية.
ولم يتسنَ الحصول على رد فوري على هذه الاتهامات من السلطات المصرية، التي تنفي عادة وجود مختفين قسرياً.